Programma’s zijn bundelingen van projecten en activiteiten op basis van inhoudelijke samenhang om daarmee synergie te bewerkstelligen. Brainport Development voert het programmamanagement uit over de volgende programma’s:

• Programma Brainport Health Innovation
• Programma Brainport International Community (BIC)
• Programma/TOA Werken in Brainport